Die Beschwerde der Antragstellerin hat keinen Erfolg (§ 146 Abs. 1 VwGO).
1. Der Beschwerde und bereits dem Antrag nach § 80a Abs. 3 Satz 2, § 80 Abs. 5 Satz 1 VwGO fehlt das erforderliche Rechtsschutzbedürfnis. Nach dem Vortrag der Beigeladenen vor dem Verwaltungsgericht wurde das mit Bescheid vom 4. Februar 2014 genehmigte Bereitstellungslager bereits vollständig hergestellt und befindet sich im laufenden Betrieb (vgl. Schriftsatz der Beigeladenen vom 16.4.2014 Bl. 12 der Verwaltungsgerichtsakte). Mit der Fertigstellung einer baulichen Anlage ist regelmäßig das Rechtsschutzinteresse für den begehrten vorläufigen Rechtsschutz entfallen, soweit die befürchteten Beeinträchtigungen von der Anlage als solcher ausgehen (vgl. BayVGH, B. v. 20.7.2007 - 2 CS 07.1473 - juris; B. v. 14.6.2007 - 1 CS 07.265 - juris; B. v. 4.3.2009 - 2 CS 08.3331 - juris; B. v. 26.7.2010 - 2 CS 10.465 - juris; B. v. 12.8.2010 - 2 CS 10.26 - juris; B. v. 23.7.2012 - 2 CS 12.1063 - juris; Schmidt in Eyermann, VwGO, 14. Aufl. 2014, § 80 Rn. 66). Diese Rechtsprechung wurde im Rahmen des nachbarschaftlichen Dreiecksverhältnisses entwickelt, lässt sich jedoch auch auf das Dreiecksverhältnis zwischen Gemeinde, Bauherr und Baugenehmigungsbehörde übertragen. Denn das mit der Anordnung der aufschiebenden Wirkung verfolgte Ziel, die Schaffung vollendeter Tatsachen zu verhindern, ist sowohl im Verhältnis Nachbar-Bauherr-Baugenehmigungsbehörde als auch im Verhältnis Gemeinde-Bauherr-Baugenehmigungsbehörde dasselbe. Dieses Ziel ist jedoch nach Fertigstellung der baulichen Anlage regelmäßig nicht mehr zu erreichen.
Ausnahmsweise kann trotz Fertigstellung des Rohbaus oder gar des gesamten angegriffenen Vorhabens das Rechtsschutzbedürfnis im Hinblick auf die Anordnung der aufschiebenden Wirkung der Klage fortbestehen, falls sich der Nachbar bzw. die betroffene Gemeinde durch die inzwischen aufgenommene Nutzung der genehmigten baulichen Anlage in ihren Rechten verletzt sieht. Es ist jedoch nur gerechtfertigt, bereits vor der Entscheidung in der Hauptsache die Nutzung der baulichen Anlage im Weg des einstweiligen Rechtsschutzes zu unterbinden, wenn die behaupteten Beeinträchtigungen erkennbar und erheblich über das Maß dessen hinausgehen, was der Nachbar oder die betroffene Gemeinde letztlich hinzunehmen haben wird (vgl. BayVGH, B. v. 4.3.2009 - 2 CS 08.3331 - juris).
In dieser Hinsicht hat die Antragstellerin jedoch nichts vorgetragen und sind auch keine Anhaltspunkte ersichtlich. Die Antragstellerin kann sich nur auf die Verletzung ihrer gemeindlichen Planungshoheit berufen. Entgegen der Auffassung des Erstgerichts wäre die Planungshoheit im vorliegenden Fall mit der Fertigstellung der baulichen Anlage verletzt. Die Rechtsstellung der Antragstellerin kann durch die Anordnung der aufschiebenden Wirkung nicht mehr verbessert werden. Diese hätte nur zur Folge, dass die Nutzung der baulichen Anlage bis zur Entscheidung in der Hauptsache ausgesetzt würde. Die Verletzung der gemeindlichen Planungshoheit würde jedoch durch die bloße Einstellung der Nutzung nicht beseitigt. Aus dem Antragsschriftsatz der Antragstellerin vom 4. April 2014 (Bl. 1 der Verwaltungsgerichtsakte) ist zudem nicht erkennbar, dass diese selbst von einer Perpetuierung der von ihr behaupteten Verletzung der gemeindlichen Planungshoheit durch die Nutzung der baulichen Anlage ausginge. Die bloße Tatsache, dass im laufenden Betrieb des Bereitstellungslagers laufend Erde angeliefert und anschließend zur Rekultivierung in die in unmittelbarer Nachbarschaft befindliche ehemalige Mülldeponie eingearbeitet wird, führt nicht zu einer weiteren Verletzung der gemeindlichen Planungshoheit. Diese läge bereits in der Fertigstellung der baulichen Anlage. Eine darüber hinausgehende Beeinträchtigung der Rechte der Antragstellerin durch die Nutzung der baulichen Anlage ist nicht erkennbar.
2. Im Übrigen wäre die Beschwerde auch unbegründet. Der Senat sähe nach einer einem Eilverfahren wie diesem angemessenen summarischen Prüfung (vgl. BVerfG, B. v. 24.2.2009 - 1 BvR 165/09 - NVwZ-RR 2009, 581) im Rahmen der von ihm eigenständig zu treffenden Ermessensentscheidung keine Notwendigkeit für die Anordnung der aufschiebenden Wirkung der Anfechtungsklage gemäß § 80a Abs. 3 Satz 2, § 80 Abs. 5 Satz 1 VwGO. Die Antragstellerin kann die Baugenehmigung mit dem Ziel ihrer Aufhebung nur dann erfolgreich anfechten, wenn öffentlich-rechtliche Vorschriften verletzt sind, die zumindest auch ihrem Schutz dienen (§ 113 Abs. 1 Satz 1 VwGO). Die Antragstellerin als Gemeinde kann sich insoweit lediglich auf die verfassungsrechtlich geschützte gemeindliche Planungshoheit als möglicherweise verletztes Recht stützen. Die Klage der Antragstellerin wird aber aller Voraussicht nach erfolglos bleiben, weil der angefochtene Bescheid nicht an einem derartigen Mangel leidet.
Die unter Ersetzung des gemeindlichen Einvernehmens erteilte Baugenehmigung vom 4. Februar 2014 verletzt die Antragstellerin nicht in ihren Rechten, da das Vorhaben der Beigeladenen bauplanungsrechtlich zulässig ist. Insbesondere ist die unter Ziffer 2. des Bescheids gemäß § 31 Abs. 2 BauGB erteilte, befristete Befreiung von den Festsetzungen des Bebauungsplans Nr. 107 rechtmäßig und verletzt die gemeindliche Planungshoheit der Antragstellerin nicht. Die Baugenehmigung vom 4. Februar 2014 ist insgesamt bis zum 31. Dezember 2015 befristet. Aufgrund dieser Befristung, die im vorliegenden Fall weniger als zwei Jahre beträgt, werden ausnahmsweise die Grundzüge der Planung nicht berührt.
a) Es ist unstreitig, dass das genehmigte Bauvorhaben eines Bereitstellungslagers im Widerspruch zu den Festsetzungen des Bebauungsplans Nr. 107 „Grüngürtel entlang der südlichen Gemeindegrenze“ der Antragstellerin steht. Der Bebauungsplan setzt im Bereich des Bauvorhabens eine Fläche für die Forstwirtschaft sowie Sukzessionsflächen fest. Da alleiniges Ziel des Bebauungsplans die Schaffung eines Grüngürtels mit Forst- und Sukzessionsflächen ist, werden durch das Bereitstellungslager grundsätzlich die Grundzüge der gemeindlichen Planung berührt.
Durch das Erfordernis der Wahrung der Grundzüge der Planung soll sichergestellt werden, dass die Festsetzungen des Bebauungsplans nicht beliebig durch Verwaltungsakte außer Kraft gesetzt werden können. Die Änderung eines Bebauungsplans obliegt nach § 1 Abs. 8, § 2 Abs. 1 BauGB der Gemeinde und nicht der Bauaufsichtsbehörde. Hierfür ist in den §§ 3 ff. BauGB ein bestimmtes Verfahren unter Beteiligung der Bürger und der Träger öffentlicher Belange vorgeschrieben, von dem nur unter den im Baugesetzbuch normierten Voraussetzungen und nur in der dort bestimmten Weise (vgl. §§ 13, 13a BauGB) abgewichen werden darf. Steht die Abweichung von einer Festsetzung in Rede, die für die Grundzüge der Planung maßgeblich ist, so wird die Grenze für die Erteilung einer Befreiung deshalb nur dann nicht überschritten, wenn die Abweichung nicht ins Gewicht fällt (vgl. OVG Hamburg, B. v. 17.6.2013 - 2 Bs 151/13 - juris; Söfker in Ernst/Zinkahn/Bielenberg, BauGB, Stand 1. Januar 2014, § 31 Rn. 36; Krautzberger in Ernst/Zinkahn/Bielenberg, BauGB, Stand 1. Januar 2014, § 13 Rn. 18). Eine planwidrige Zwischennutzung stellt den Geltungsbereich eines Plans allenfalls ausnahmsweise, nämlich dann in einer seine Grundzüge berührenden Weise in Frage, wenn Anzeichen die Annahme tragen, diese würden es auch nach Beendigung nicht mehr gestatten, zu dem vom Plangeber auf Dauer gewollten Zustand zurückzukehren (vgl. auch Pietzcker, NVwZ 2001, 968; Schmidt-Eichstaedt, ZfBR 2009, 738).
Nach anderer Auffassung (vgl. OVG SH, B. v. 12.6.2014 - 1 ME 67/14 - juris) ist mit § 9 Abs. 2 BauGB die Möglichkeit geschaffen worden, Festsetzungen eines Bebauungsplans zeitweise außer Kraft zu setzen. Damit solle der Gemeinde die Möglichkeit gegeben werden, in einer vom Gemeinderat abwägend verantworteten und im Aufstellungsverfahren zur Diskussion gestellten Weise Zwischennutzungen zu ermöglichen. Eine Anwendung des § 31 Abs. 2 BauGB scheide daher aus. Diese Meinung übersieht jedoch, dass § 9 Abs. 2 BauGB der Gemeinde lediglich in besonderen Fällen, also nicht generell sondern nur in bestimmten Planungssituationen, eine Möglichkeit an die Hand gibt, die Zulässigkeit der nach einem Bebauungsplan festgesetzten und nach § 30 BauGB an sich zulässigen Nutzungen von bestimmten weiteren städtebaulichen Maßnahmen und sonstigen Vorgängen abhängig zu machen. Dies kann bei der Aufstellung des Bebauungsplans oder aber bei einer späteren Änderung oder Ergänzung erfolgen. Dies schließt aber umgekehrt nicht die Möglichkeit einer Befreiung von den Festsetzungen des Bebauungsplans im Einzelfall unter den strengeren Voraussetzungen des § 31 Abs. 2 BauGB aus.
Im vorliegenden Fall enthält der Bebauungsplan Nr. 107 keine Befristung im Sinn von § 9 Abs. 2 Satz 1 Nr. 1 BauGB, welcher im Übrigen erst im Jahr 2004 in das Baugesetzbuch eingefügt wurde. Der Bebauungsplan Nr. 107 stammt hingegen aus dem Jahr 1995. Zu diesem Zeitpunkt war eine derartige Befristung noch nicht möglich.
Der Senat ist mit dem Erstgericht der Auffassung, dass im vorliegenden Fall ausnahmsweise die Grundzüge der Planung nicht berührt sind. Das planerische Grundkonzept der Antragstellerin wird durch die auf weniger als zwei Jahre befristete Baugenehmigung nicht in einer seine Grundzüge berührenden Weise in Frage gestellt, die Anzeichen zur Annahme enthielte, dass auch nach Beendigung der Befristung eine Rückkehr zum vom Plangeber auf Dauer gewollten Zustand nicht mehr möglich wäre. Das Baugrundstück wurde bereits vor Inkrafttreten des Bebauungsplans Nr. 107 und auch danach landwirtschaftlich genutzt. Im gesamten Plangebiet wurde mit der Umsetzung der Festsetzungen (Flächen für Forstwirtschaft und Sukzessionsflächen) bis heute nicht begonnen. Auch ist weder eine Absicht noch eine konkrete Planung für die Umsetzung der Festsetzungen von Seiten der Antragstellerin vorgetragen worden. Die Festsetzungen, deren Umsetzung ohnehin mehrere Jahre in Anspruch nehmen würde, da die Flächen überwiegend aufgeforstet werden sollen, können in weiten Teilen des Plangebiets ohne Einschränkung umgesetzt werden. Lediglich im Bereich des Baugrundstücks wäre die Antragstellerin an der Umsetzung für einen Zeitraum von weniger als zwei Jahren gehindert. Auch die Verpflichtung in der Baugenehmigung, nach Fristablauf den bisherigen Zustand - also landwirtschaftliche Nutzfläche - wieder herzustellen, beeinträchtigt die Umsetzung der planerischen Ziele der Antragstellerin nicht auf Dauer. Zum einen ergibt sich für die Beigeladene aus dem Bebauungsplan Nr. 107 keine Pflicht zur Umsetzung der gemeindlichen Planung. Umgekehrt hat auch die Antragstellerin aus dem Bebauungsplan keinen Anspruch auf eine Aufforstung des Baugrundstücks. Zum anderen steht die Wiederherstellung einer landwirtschaftlichen Nutzfläche dem Planungsziel einer Aufforstung nicht entgegen. Diese kann auch bei einer landwirtschaftlichen Nutzfläche jederzeit umgesetzt werden. Anders wäre dies beispielsweise bei einer großflächigen Bebauung. Im Ergebnis ist daher nicht zu erkennen, dass die genehmigte Nutzung eine Rückkehr zu dem vom Plangeber auf Dauer gewollten Zustand unmöglich machen würde.
Im Übrigen bestehen angesichts der Rechtsprechung des Bundesverwaltungsgerichts (vgl. U. v. 25.6.2013 - 4 CN 4/13 - juris) Zweifel an der Wirksamkeit des Bebauungsplans Nr. 107. Auf Flächen für Wald nach § 9 Abs. 1 Nr. 18b BauGB können danach wegen der Sperrwirkung des § 9 Abs. 1 Nr. 25 BauGB keine landschaftspflegerischen Maßnahmen festgesetzt werden. Durch Planzeichen werden hier auf den Flächen für Forstwirtschaft ausdrücklich ein Eichen-Kiefern-Wald sowie ein Eichen-Hainbuchen-Wald festgesetzt. Ein exaktes Pflanzschema ist ausdrücklich Bestandteil des Bebauungsplans Nr. 107. § 9 Abs. 1 Nr. 18b BauGB ermöglicht jedoch lediglich eine Festsetzung „Wald“, enthält aber keine Befugnis zur Konkretisierung dieses Begriffs. Zwar kann gemäß Nr. 12.2. der Anlage zur Planzeichenverordnung eine bestimmte Zweckbestimmung entsprechend den Vorschriften der §§ 1 und 11 ff. BWaldG i. V. m. Art. 10 bis 12 BayWaldG (Schutzwald, Bannwald, Erholungswald) Gegenstand bauplanerischer Festsetzungen sein. Hieraus lassen sich laut Bundesverwaltungsgericht (vgl. U. v. 25.6.2013 - 4 CN 4/13 - juris) jedoch keine Befugnisse zur Festsetzung bestimmter Baumarten ableiten.
b) Der Antragsgegner hat das verweigerte Einvernehmen der Antragstellerin rechtsfehlerfrei gemäß § 36 Abs. 2 Satz 3 BauGB ersetzt.
Bei der Entscheidung über eine Befreiung nach § 31 Abs. 2 BauGB handelt es sich zwar um eine Ermessensentscheidung. Das Ermessen ist aber dem Zweck der Ermächtigung entsprechend auszuüben (Art. 40 BayVwVfG). Für die Ermessenserwägungen kommen nur Gründe mit städtebaulichem Bezug in Betracht (vgl. BayVGH, U. v. 24.3.2001 - 2 B 11.59 - juris). Für die Ausübung des Ermessens besteht allerdings wenig Raum, wenn die recht detailliert bestimmten Voraussetzungen für die Erteilung einer Befreiung gegeben sind. In der Regel reduziert sich das Ermessen auf Null, wenn dem Vorhaben nicht zumindest gleichgewichtige Belange entgegenstehen (vgl. BVerwG, U. v. 19.9.2002 - 4 C 13/01 - juris). Städtebauliche Gründe, welche hier eine ermessensgerechte Versagung der Befreiung rechtfertigen könnten, sind aber weder substantiiert vorgetragen noch zu erkennen. Vielmehr ist bereits nicht zu erkennen, ob die Antragstellerin in ihrem Beschluss vom 14. Januar 2014 überhaupt ein Ermessen ausgeübt hat. Der umfangreich protokollierte Beschluss enthält im Sachvortrag keinerlei Hinweise auf eine Ermessensausübung. Es wird lediglich apodiktisch auf den Widerspruch zu den Festsetzungen des Bebauungsplans verwiesen. Eine Auseinandersetzung mit den Interessen der Beigeladenen und der zeitlichen Befristung der Maßnahme findet nur insoweit statt, als auf Widersprüche hinsichtlich der Befristung aufmerksam gemacht wird.
Der Antragsgegner hat im Bescheid vom 4. Februar 2014 hingegen ausführlich seine Ermessensentscheidung sowohl hinsichtlich der Erteilung der Befreiung als auch hinsichtlich der Ersetzung des gemeindlichen Einvernehmens begründet.
3. Die Kostenentscheidung ergibt sich aus § 154 Abs. 2 und 3, § 162 Abs. 3 VwGO.
Die Streitwertfestsetzung beruht auf §§ 47, 52 Abs. 1, § 53 Abs. 2 Nr. 2 GKG.